中国煤炭科工集团南京设计研究院，始建于1964年，原名水城煤矿设计研究院。1973年迁址山东，更名为煤炭工业部兖州煤矿设计研究院。1995年10月成建制搬迁至江苏南京，更名为煤炭工业部南京设计研究院。1998年7月，成为以北京煤炭设计研究院（集团）为核心企业的中煤工程设计咨询集团成员单位。2002年1月更名为中煤国际工程集团南京设计研究院。2008年4月，国务院国资委重组中煤国际工程设计研究总院和煤炭科学研究总院，成立了中国煤炭科工集团有限公司，南京设计院成为集团公司的全资子企业。2011年6月，与煤炭科学研究总院南京研究所联合重组，组建新的中国煤炭科工集团南京设计研究院，南京研究所成为南京设计研究院的二级子企业。 南京设计院设有采矿、选煤、环保、电力、机械、煤化工、建筑、结构、给排水、暖通、公路、铁路、桥梁、勘察、测量、工程经济等近30个专业，拥有煤炭行业、建筑行业建筑工程、市政公用行业(燃气、地铁轻轨除外)、机械(重型矿山机械)设计，工程勘察综合类、工程监理、工程咨询、工程总承包、工程造价、智能建筑（系统工程设计）、环境污染防治等12项甲级资质，电力、环评等多项乙级资质，以及煤炭经营资格、煤炭检测计量认证资质、进出口资质、城市及道路照明施工工程三级资质等。1993年获国家外经贸部授予对外经营权。 四十多年来，我院先后承担完成了涉及二十多个省(市)、自治区的一大批国家重点工程建设任务。先后完成数百对矿井、选煤厂设计，以及一大批建筑、电力、交通、市政、环保、建筑智能、自动化及控制等勘察设计、咨询评估和工程监理任务。率先在全国勘察设计系统开展工程总承包业务，承担完成工程总承包项目十多项。实施“走出去”战略后，与俄罗斯、印度尼西亚、土耳其、越南、蒙古、澳大利亚、乌兹别克、印度等十几个国家开展技术合作、工程设计与总包业务。